Η ορνιθοπανίδα της Ηρακλειάς είναι ο πιο συστηματικά μελετημένος τομέας του περιβάλλοντος. Τα πιο σημαντικά πουλιά είναι:

  1. Όρνιο (griffon vulture), που φωλιάζει με 2-3 ζεύγη.
  2. Σπιζαετός (bonelli’s eagle), 1 ζεύγος-τοπική ονομασία μαρματούδι.
  3. Μαυροπετρίτης (eleonora’s falcon), τοπική ονομασία βαρβακιά, που είναι θερινός επισκέπτης και φωλιάζει στις βραχονησίδες Μικρός και Μεγάλος ¶βελας με 30-60 ζεύγη.
  4. Θαλασσοκόρακας (shag), τοπική ονομασία θαλασσοπούλα, που φωλιάζει στις βραχονησίδες αλλά και στο κυρίως νησί.
  5. Αιγαιόγλαρος (audouin’s gull) που εμφανίζεται κατά τη μετανάστευση τακτικά με μεμονωμένα άτομα.
  6. Αρτέμης (cory’s shearwater), τοπική ονομασία κέφος, που εμφανίζεται σε μεγάλους αριθμούς στη μετανάστευση και μερικά ζεύγη φωλιάζουν στις βραχονησίδες.
  7. Μύχος (levantine shearwater), τοπική ονομασία αρτένα, που εμφανίζεται σε μεγάλους αριθμούς στη μετανάστευση και μερικά ζεύγη φωλιάζουν στις βραχονησίδες. Έχει παρατηρηθεί και το χειμώνα σε μικρές ομάδες.
Στην Ηρακλειά εμφανίζονται πολλά είδη αρπακτικών κατά τη μετανάστευση, κυρίως τον Σεπτέμβρη. Σημαντικότερες παρατηρήσεις είναι κραυγαετός (lesser spotted eagle), σταυραετός (booted eagle), φιδαετός (short-toed snake eagle), τσίφτης (black kite), ασπροπάρης (egyptian vulture), στεπόκιρκος (pallid harrier), λιβαδόκιρκος (montagu’s harrier), σαίνι (levant sparrowhawk), αετογερακίνα (long-legged buzzard), χρυσογέρακο (lanner) και δενδρογέρακο (hobby). Έχει διαχειμάσει και ένας ανήλικος μαυρόγυπας (black vulture).
Τα πιο συνηθισμένα μεταναστευτικά αρπακτικά είναι ο καλαμόκιρκος (marsh harrier) και ο σφηκιάρης (honey buzzard).
Κατά τη μετανάστευση παρατηρούνται πολλά ενδιαφέροντα πουλιά, είτε για την ομορφιά τους όπως ο μελισσοφάγος (bee-eater) και η χαλκοκουρούνα (roller), είτε για τη σπανιότητά τους όπως ο γερανός (common crane) και o γελαδάρης (cattle egret).
Από τα φωλιάζοντα τα πιο κοινά είναι ο μαυροτσιροβάκος (sardinian warbler),
o κατσουλιέρης ή κορυδαλός (crested lark), το βραχοκιρκίνεζο ή ανεμογάμης (kestrel), η κουκουβάγια (little owl), το φανέτο (linnet), ο ασημόγλαρος (yellow legged gull), η λευκοσουσουράδα (pied wagtail), το αγριοπερίστερο (rock dove),
η μαυροσταχτάρα (swift), η ασπροκώλα (black-eared wheater), η νησοπέρδικα (chucar), ο γαλαζοκότσυφας (blue rock thrush) και η κουρούνα (carrion crow).
Παροδικά φωλιάζει ο τσιφτάς (corn bunting) και ο πετρίτης (peregrine).
Σε μικρούς αριθμούς φωλιάζει το κοράκι (raven) με 1 ζεύγος και η πετροτριλίδα (stone curlew)με 1-2 ζεύγη.
Σε περιπτώσεις βαρυχειμωνιάς εμφανίζονται ασυνήθιστα είδη, όπως ο βουβόκυκνος (mute swan) που παρουσιάζεται στη θάλασσα και ξεκουράζεται στη διάρκεια κάποιας μεγάλης μετακίνησης, η γαλιάντρα (calandra lark) ανάμεσα σε σταρήθρες (skylark), το βουνοτσίχλονο (rock bunting) και άλλα.